Creo que sí es normal...
Me parece normal que después de su experiencia le haya quedado ese tipo de trauma, pues me parece que la primera vez es algo que te marca de cierta manera, ya sea si se haya tratado de una buena o de una mala experiencia.
En mi caso personal, para no hacer larga la historia, alguna vez de pequeña me metieron un líquido por la vagina a través de una sonda y me dolió muchísimo y al igual que tu novio, ahora le tengo fobia no sólo a las relaciones sexuales, sino también a cualquier cosa que pueda llegar a ser introducida en mi vagina...
Al tener experiencias así me parece de lo más normal que se le haya generado ese miedo a las relaciones sexuales, pues aunque uno sepa que en teoría no todas las veces serán igual, la mente es poderosa y a veces es inevitable evocar ese tipo de recuerdos...
Lo que yo te recomendaría es que acudieran a algún tipo de terapia, o si le da pena asistir contigo puede solicitar ayuda de algún psicólogo o de un sexólogo.