Hola...
Si utilizaron preservativo desde el primer momento de contacto entre los genitales, y el preservativo no se rompio, no tienen posibilidad de embarazo.
El hipotiroidismo no tiene nada que ver con tener relaciones sexuales, pero las náuseas pueden deberse a esta enfermedad. Los síntomas de embarazo aparecen generalmente unos 7 días después de la fecundación, ya que es eso lo que demora en bajar el óvulo fecundado hasta el útero, y recién allí comienza a liberar hormonas que producen los síntomas. Así que si tuvieron relaciones el domingo, y hoy es martes, han transcurrido apenas 2 días.
No creo que esté embarazada tu novia, pero que vaya al médico por el tema de las náuseas.
Saludos!