Hay una idea errónea de que la circuncisión es más higiénica, o un limpiador, que la condición natural del pene. Hay evidencia mínima para este punto de vista. Es más probable que el estado natural del prepucio sea más protector, y por tanto más limpio y saludable, si se mantiene una higiene normal. En el estado de no-erección, el prepucio se mantiene contra la cabeza del pene por la tensión superficial, más bien como una envoltura protectora que mantiene la humedad del glande. Esto evita que los gérmenes entren detrás de él. En cambio, en el pene circuncidado el meato urinario (donde sale la orina) y la cabeza del pene están constantemente expuestos a los gérmenes y la orina. Esto puede ser especialmente así en la circuncisión médica estándar que retira cantidades menos significativas de la piel en alrededor de 50% de los pacientes.
La circuncisión ritual a menudo elimina más piel de modo que hay menos probabilidad de circuncisión incompleta, pero el riesgo de problemas de la cicatriz es el mismo o aún mayor, ya que no suelen realizarse con todas las medidas higienicas necesarias. El tipo de bacterias en los cambios del pene después de la circuncisión, es análogo al de los hombres que no han sido circuncidados, y se asemejan a la misma gama de bacterias como que pueda tener una mujer en su vagina y vulva.
En las mujeres, Gardnerella vaginalis a menudo se considera la causa más común de vaginosis bacteriana. En los niños prepuberales no hay diferencia en la colonización de Gardnerella entre niños circuncidados e intacto (Wahl, 1998).
La idea de que el esmegma causa el cáncer es un mito. No hay pruebas, ya sea en hombres o mujeres, que el esmegma produzca cáncer en sí mismo o en su pareja. De hecho, puede tener un papel protector en la actividad sexual. Lo que si puede ser cancirogénico son los restos que puedan acompañar a un esmegma que se mantiene por tiempo sin limpiar.