Probar
Lo primero que deberías hacer es averiguar (si no lo sabes ya) por qué te duele; si por falta de lubricación (harán falta más preliminares o algun lubricante), por algún problema con la postura (elasticidad, agarrotamiento, etc) u otro motivo. De todos modos si tu te colocas encima puedes regular mejor la velocidad y la profundidad de la penetración.
Y despues creo que deberías probar más alternativas, solo hablas de la del misionero y la de tu encima, pero se pueden hacer muchas variaciones sobre estas:
El encima pero tu con las piernas sobre sus hombros, que es una postura profunda muy buena.
El misionero variando la apertura o posición de la piernas de ambos.
Tu encima mirando hacia su cara o hacia sus pies; que se mueva el o moviendote tu; etc.
Pero tambien podrías probar muchas otras:
Los dos sentados, contigo encima, en una silla, la cama, el suelo, etc.
Por detras (la del perrito, acostados, tu apoyada en una mesa o la cama y el de pie o arrodillado, etc.)
De pie (por delante y por detrás.
Las posibilidades son tantas como vuestro cuerpo y la imaginación os permitan; si te apetece innovar tienes múltiples opciones y seguro que encontrarás varias que te gusten. Quizá al final te quedes con la del misionero, o posiblemente no, pero desde luego os lo pasareis muy bien buscando alternativas.
Un saludo