ups
espero que ella sí se esté cuidando con algun metodo y sea por eso que te muestras indiferente al respecto, pero bien, el olor de la vagina cambia por infinidad de motivos, los alimentos, los desechos, su periodo, etc. Tu semen desaparece en determinado tiempo, si acaso te refieres al tiempo en que has eyaculado dentro inmediatamente, pues sí, el semen con sus fluidos puede ser de diferentes características que los de ella solos, pero si es tiempo despues, por supuesto que no se debe a tu semen.
Lo de la limpieza, puedes usar toallitas humedas o si hay tiempo y lugar adecuados, puede darse una ducha, para prevenir enfermedades causadas por la humedad.