Sí que es seguro
Cuando se utiliza bien, es uno de los métodos anticonceptivos más seguros que hay, aparte de que protege frente a las ets. Ningún método es eficaz al 100% pero no es cierto que los espermatozoides puedan atravesarlo, sólo si se rompe o no está bien colocado puede haber algún problema. La verdad es que me extraña mucho que una ginecóloga haya recomendado no usar condón....
De todas formas si estás tomando pastillas anticonceptivas, ya no necesitas ningún otro método para evitar embarazos.