A ver te contesto
Es un apellido de origen Navarro. Zuñiga en vasco significa "mirador en la colina". Zuñiga es también una población cercana a Estella, en Navarra, que puede ser mas probale el origen de tu apellido. De Navarra pasaron a Castilla, y una rama se trasladó a Chile, donde don Alonso Ortiz de Zuñiga fue nombrado regidor de la ciudad de Santiago en el año 1579.